Шестидневная война между Израилем и Египтом, Сирией, Иорданией, Ираком и Алжиром началась 5 июня 1967 года и завершилась 10 июня.
В мае 1967 года страны арабской коалиции начали резко нагнетать напряженность по отношению к Израилю. Главы арабских стран, в особенности президент Египта Насер, чуть ли не ежедневно выступали с заявлениями, что «настал час сбросить евреев в море», «в скором времени чужеродное образование в самом сердце арабского Востока будет уничтожено доблестными арабскими армиями».
В Израиле к этим угрозам отнеслись очень серьезно, тем более, что они соответствовали имевшейся в распоряжении руководителей страны секретной военной информации. Соотношение сил между Израилем и объединенными арабскими странами было таким, что в Израиле начали готовиться к самому худшему – прорыву вражеских армий на территорию страны и потерям. Они ожидались столь огромными, что во всех городах страны начали срочно готовить новые кладбища для десятков тысяч погибших. Так, в Тель-Авиве под эти кладбища были уже переоборудованы общественные парки в центре города. Чтобы избежать этих потерь руководство Израиля приняло решение о нанесении превентивного удара по арабским армиям, в первую очередь по их авиации.
Утром 5 июня в 7:45 ВВС Израиля атаковали военные аэродромы арабских стран, готовившихся к нападению на еврейское государство. В ходе внезапной операции существенная часть арабских ВВС была уничтожена и Израиль получил контроль над воздушным пространством региона. Благодаря этому, Израиль в течение 6 дней одержал победу над оставшимися без воздушного прикрытия арабскими армиями.
С середины 1950-х годов Египет, руководимый Гамалем Насером, сблизился с СССР, который предоставлял Египту выгодные займы, построил Асуанскую плотину, поставлял оружие, зерно, многие необходимые товары. Весной 1967 года отношения Египта и Сирии с Израилем обострились, в том числе из-за поддержки ими военизированных группировок арабов, называвших себя палестинцами, совершавших диверсии против Израиля. Во главе этих группировок стояла созданная в 1965 году Организация Освобождения Палестины, декларировавшая своей целью уничтожение «сионистского образования». 26 мая Насер, обращаясь к руководителям панарабской федерации профсоюзов, сказал, что предстоящая война «будет тотальной и ее цель — уничтожение Израиля». 28 мая Судан провел мобилизацию, 29 мая алжирские войска были направлены в Египет, 30 мая Египет и Иордания подписали договор о взаимопомощи, 31 мая иракские войска были направлены в Иорданию.
Война стала неизбежной и Израиль начал ее первым, чтобы как-то скомпенсировать огромное превосходство арабских армий над ЦАХАЛ как в количестве войск, так и в военной технике. В воздушной операции 5 июня участвовало 185 израильских самолетов, что составляло 91% израильской боевой авиации. После двух атак было уничтожено 304 из 419 египетских самолетов. Примерно в 11 часов утра Израиль стал подвергаться налетам со стороны ВВС Сирии и Иордании. В результате ответного израильского авиаудара были уничтожены все ВВС Иордании, около половины ВВС Сирии, а также 10 иракских самолетов. Разгром ВВС противника в первый же день войны позволил израильским ВВС добиться почти полного господства в воздухе. Практически не встречающие сопротивления бомбардировки арабских колонн и позиций израильскими ВВС стали важнейшим фактором деморализации и коллапса египетской, сирийской и иорданской армий.
В этой войне Израиль за считанные дни добился победы, которую иначе как чудом назвать нельзя: под его контролем оказались Синайский полуостров, сектор Газа, Западный берег реки Иордан, Восточный Иерусалим и Голанские высоты. В общей сложности, Израиль получил контроль над территорией в 3,5 раза превосходящей его довоенную площадь.
В ответ на эту победу в различных странах арабского мира прошли массовые антиизраильские манифестации, еврейское меньшинство, всё еще проживавшее там, подверглось преследованиям и изгнанию. Были убиты десятки евреев, искалечены сотни, 7000 евреев были изгнаны, многие — только с тем, что смогли унести в руках.
Шестидневная война оказала глубокое влияние на весь еврейский мир, который увидел, что уничтожить еврейское государство не удастся. Это привело к усилению солидарности евреев западных стран с Израилем, выразившееся в значительном усилении материальной поддержки Израиля и увеличении репатриации.
Огромное влияние Шестидневная война оказала и на евреев СССР. По свидетельству Натана Щаранского именно эта война заставила его пересмотреть не только отношение к Израилю, но и вызвала усиление его национальной гордости и чувства принадлежности к еврейскому государству на далеком Ближнем Востоке. По мнению Щаранского, то же самое испытали многие советские евреи.
А по свидетельству Давида Бартова (глава «Натива» в 1986-1992), в 1967 – глава представительства «Натива» в СССР, после начала Шестидневной войны советские евреи шли к посольству Израиля и молча стояли, смотря на здание и развевающийся во дворе флаг еврейского государства. В московских синагогах евреи тайно подходили к израильским дипломатам, говорили слова поддержки и желали скорейшей победы. После сообщения о разрыве дипломатических отношений между СССР и Израилем, евреи продолжали приходить к посольству, с которого уже был убран флаг. Задерживаться возле «проклятого» здания было уже опасно, поэтому евреи просто смотрели и проходили мимо.
Шестидневная война стала мощным стимулом роста национального самосознания евреев СССР, в укреплении которого важную роль сыграла работа посланников «Натива» – локальные группы советских евреев стали не только разрастаться, но и объединяться. Именно после Шестидневной войны начался процесс создания десятков подпольных групп по изучению иврита, еврейской культуры и жизни Израиля. Всё это через несколько лет привело к массовой подаче советскими евреями документов на выезд в Израиль. Организация «Натив» поддерживала постоянную и тесную связь с этими группами, поставляя им учебники иврита и другую помощь, в том числе и информационную поддержку в СМИ западных стран, что было жизненно важно для функционирования этих групп в условиях советской действительности. Можно без всякого преувеличения сказать, что деятельность «Натива» внесла значительный вклад в укрепление национального самосознания евреев СССР и в их желании репатриироваться на историческую родину, толчком к которому послужила фантастическая победа Израиля в Шестидневной войне.