Шестиденна війна між Ізраїлем і Єгиптом, Сирією, Йорданією, Іраком та Алжиром розпочалася 5 червня 1967 року і завершилася 10 червня.
У травні 1967 року країни арабської коаліції почали різко нагнітати напруженість по відношенню до Ізраїлю. Глави арабських країн, особливо президент Єгипту Насер, чи не щодня виступали із заявами, що «настав час скинути євреїв у море», «незабаром чужорідну освіту в самому серці арабського Сходу буде знищено доблесними арабськими арміями».
В Ізраїлі до цих погроз поставилися дуже серйозно, тим більше, що вони відповідали секретній військовій інформації, яка була в розпорядженні керівників країни. Співвідношення сил між Ізраїлем та об’єднаними арабськими країнами було таким, що в Ізраїлі почали готуватися до найгіршого – прориву ворожих армій на територію країни та втрат. Вони очікувалися настільки величезними, що в усіх містах країни почали терміново готувати нові цвинтарі для десятків тисяч загиблих. Так, у Тель-Авіві під ці цвинтарі вже були переобладнані громадські парки в центрі міста. Щоб уникнути цих втрат керівництво Ізраїлю ухвалило рішення про завдання превентивного удару по арабським арміям, в першу чергу по їх авіації.
Вранці 5 червня о 7:45 ВПС Ізраїлю атакували військові аеродроми арабських країн, які готувалися до нападу на єврейську державу. В ході раптової операції істотну частину арабських ВПС було знищено і Ізраїль отримав контроль над повітряним простором регіону. Завдяки цьому, Ізраїль протягом 6 днів здобув перемогу над арабськими арміями, що залишилися без прикриття з повітря.
З середини 1950-х років Єгипет, керований Гамалем Насером, зблизився з СРСР, який надавав Єгипту вигідні позики, збудував Асуанську греблю, постачав зброю, зерно та багато необхідних товарів. Навесні 1967 року відносини Єгипту та Сирії з Ізраїлем загострилися, у тому числі через підтримку ними воєнізованих угруповань арабів, які називали себе палестинцями та здійснювали диверсії проти Ізраїлю. На чолі цих угруповань стояла створена у 1965 році Організація Визволення Палестини, яка декларувала метою знищення «сіоністської освіти». 26 травня Насер, звертаючись до керівників панарабської федерації профспілок, сказав, що майбутня війна «буде тотальною та її мета — знищення Ізраїлю». 28 травня Судан провів мобілізацію, 29 травня алжирські війська були направлені до Єгипту, 30 травня Єгипет та Йорданія підписали договір про взаємодопомогу, 31 травня іракські війська були направлені до Йорданії.
Війна стала неминучою і Ізраїль почав її першим, щоб якось компенсувати величезну перевагу арабських армій над ЦАХАЛ як у кількості військ, так і у військовій техніці. У повітряній операції 5 червня брало участь 185 ізраїльських літаків, що становило 91% ізраїльської бойової авіації. Після двох атак було знищено 304 із 419 єгипетських літаків. Приблизно об 11 годині ранку Ізраїль став зазнавати атак під час нальотів із боку ВПС Сирії та Йорданії. Внаслідок ізраїльського авіаудару у відповідь були знищені всі ВПС Йорданії, близько половини ВПС Сирії, а також 10 іракських літаків. Розгром ВПС противника в перший день війни дозволив ізраїльським ВПС домогтися майже повного панування в повітрі. Практично не зустрічаючи опору, бомбардування арабських колон та позицій ізраїльськими ВПС стали найважливішим чинником деморалізації та колапсу єгипетської, сирійської та йорданської армій.
У цій війні Ізраїль за лічені дні досяг перемоги, яку інакше як дивом назвати не можна: під його контролем опинилися Синайський півострів, сектор Газа, Західний берег річки Йордан, Східний Єрусалим і Голанські висоти. Загалом Ізраїль отримав контроль над територією, що в 3,5 рази перевищує його довоєнну площу.
У відповідь на цю перемогу, в різних країнах арабського світу пройшли масові антиізраїльські маніфестації, єврейська меншість, яка все ще проживала там, зазнала переслідувань та вигнання. Було вбито десятки євреїв, скалічено сотні, 7000 євреїв було вигнано, багато хто — лише з тим, що змогли забрати в руках.
Шестиденна війна справила глибокий вплив на весь єврейський світ, який побачив, що знищити єврейську державу не вдасться. Це призвело до посилення солідарності серед євреїв західних країн з Ізраїлем, що виразилося у значному посиленні матеріальної підтримки Ізраїлю та збільшенні репатріації.
Величезний вплив Шестиденна війна справила й на євреїв СРСР. За свідченням Натана Щаранського, саме ця війна змусила його переглянути не лише ставлення до Ізраїлю, а й викликала посилення його національної гордості та почуття приналежності до єврейської держави на далекому Близькому Сході. На думку Щаранського, те саме відчули багато радянських євреїв.
А за свідченням Давида Бартова (глава «Натів» у 1986-1992), у 1967 – голова представництва «Натів» в СРСР, після початку Шестиденної війни радянські євреї йшли до посольства Ізраїлю і мовчки стояли, дивлячись на будівлю і прапор єврейської держави, що майорів у дворі. У московських синагогах євреї таємно підходили до ізраїльських дипломатів, говорили слова підтримки та бажали скорішої перемоги. Після повідомлення про розрив дипломатичних відносин між СРСР та Ізраїлем, євреї продовжували приходити до посольства, з якого вже було прибрано прапор. Затримуватися біля «клятої» будівлі було вже небезпечно, тому євреї просто дивилися і проходили повз.
Шестиденна війна стала потужним стимулом зростання національної самосвідомості євреїв СРСР, у зміцненні якої важливу роль відіграла робота посланців «Натіву» – локальні групи радянських євреїв стали не лише розростатися, а й об’єднуватись. Саме після Шестиденної війни розпочався процес створення десятків підпільних груп з вивчення івриту, єврейської культури та життя Ізраїлю. Все це за кілька років призвело до масового подання радянськими євреями документів на виїзд до Ізраїлю. Організація «Натів» підтримувала постійний та тісний зв’язок із цими групами, постачаючи їм підручники івриту та іншу допомогу, в тому числі й інформаційну підтримку у ЗМІ західних країн, що було життєво важливим для функціонування цих груп в умовах радянської дійсності. Можна без жодного перебільшення сказати, що діяльність «Натіву» зробила значний внесок у зміцнення національної самосвідомості євреїв СРСР і в їхньому бажанні репатріюватися на історичну батьківщину, поштовхом до якого стала фантастична перемога Ізраїлю в Шестиденній війні.